天正10年1582年/明万历9年，“本能寺之变”爆发，织田信长的重要部下明智光秀，在京都的本能寺中起兵谋反，杀害其主君信长。
本能寺之变中织田信长死难，导致信长“天下布武”之路戛然而止。
天主教失去了实力最强的支持者。这一次政变，改变了日本的历史进程，亦改变了基督教在日本的命运。
如果织田信长成功，他将建立织田幕府。那么天主教将成为日本的重要宗教。
可惜，耶稣会一百多年的发展和苦心谋划，最终随着织田信长的死去，而化为泡影。
而丰臣秀吉在战国时代，对耶稣会也是极尽拉拢之能。毕竟，谁都知道，只有不择手段的壮大自己，才是乱世的生存之道。
但等到丰臣秀吉统一了东瀛之后，他从支持者，几乎在一夜之间变成了迫害者。
天正14年1586年/明万历14年6月19日，秀吉颁《伴天连追放令，宣布驱逐传教士。但是，他顾忌影响海外贸易，实际上法令并没有彻底落实。
英国学者贝利指出，《令颁布后，10余名传教士依然滞留在长崎并担任葡萄牙商船长崎贸易的向导，130余名耶稣会士仍在九州布教，教徒数量仍在迅勐增加，而以西班牙方济各修道会为代表的其他势力也开始进入日本。
但是，秀吉的动机，深深的影响了德川家康。德川家康统一日本后，对秀吉宗教和贸易分离的政策，深以为然。
他禁止天主教，为的是防止关西信教诸侯，勾结海外势力作乱，也为了限制他们通过外贸壮大自己的实力。
从这时候开始，幕府对教徒的迫害逐步开始加剧。
庆长2年1597年/明万历25年，秀吉下令把日本信徒及方济各会修道士总计26人在长崎钉死在十字架上，次年，丰臣秀吉病死在伏见城。
庆长18年，在家康已经明令禁止家臣信教的情况下，大名有马晴信的宗教信仰败露，旋即被剥领流放。随即被迫让家臣杀死。
庆长19年1月，退居幕后的德川家康授意二代将军德川秀忠，组织起草了新的《伴天连追放令，即“庆长禁教令”。
宣布驱逐日本所有传教士，其中包括89名耶稣会士、4名方济各会修道士、2名多明我会修道士、2名奥古斯丁会修道士。
德川家康病死后，二代将军秀忠的禁教措施愈发激进，开始不断创造借口，处死教徒。“京都大殉教”、“元和大殉教”相继发生。
元和9年1623年/明天启3年三代将军德川家光上台后，再次炮制了“江户大殉教”、“平户大殉教”与“东北大殉教”等惨桉。更是出现了“云仙地狱”与“踏绘”等诸多针对信徒的措施。
学者井上清统计，1614—1635年，被迫害死亡的信徒高达28万人之众。
吉利支丹信徒们，面对屠杀忍无可忍。
终于在1637年发动了岛原之乱。
岛原之乱由于实力对比悬殊，被残酷镇压下去，随即，全日本开始了屠灭信徒的运动。
1644年，也就是明朝灭亡的那一年，日本最后一位耶稣会士殉教，“无神甫时代”开始，日本的“吉利支丹时代”彻底终结。
而杨凡早在1627年，接见桃子夫人时，就意识到，十年后的这场大动乱，是查收东瀛最好的机会，也就是从那时起，他开始布局在东瀛的一切。