新兵到位，李江遥立刻下令，将原先的组织构架解除，重新整编这支已经被正式命名为“镇疆军”的兵马。
首先，他将主力部队全部召回水杉，组建三个军，形成拳头力量，作为军府的核心，专门应对战略会战。而各地城镇的防守任务，则交由地方守备部队负责。
新组建的三个军，第一军为纯骑兵部队，整整一万名装备精良的铁甲重骑兵，番号“疾风”。主将由军府副指挥使徐友长兼任，两位副将由原先玄甲军前锋营的军官王成龙和孙建中担任。
疾风骑兵军，是在未来大会战中冲击敌军的核心力量，肩负着一战定乾坤的重任。
第二军则是纯步兵，兵力多达两万之众，番号“烈火”，按照镇疆都护府“健卒营”的标准打造。全军兵种齐全、作战经验丰富。该军主将由杜建担任，副将则是鄯善老将帕勒塔洪。
烈火步兵军，以阵地战、攻城战和防御战为主，堪称镇疆军的“中坚”。
第三军有一万人马，以步骑混合编列，番号“惊雷”。楠花郡主霍丽娅任第三军主将，林枫作为副将协助她指挥。他们的主要任务，是作为全军的预备队，给各个方向的兄弟部队提供补充和支援。
李江遥的直属亲兵——威名赫赫的鬼面白袍军，通过在全军中精挑细选，也扩充到了五千兵力，编为“主帅营”。与此同时，主帅营中还独立出两个大队。其中一个，是从精锐中选拔精锐，组建起飞马斥候大队，专门负责为全军侦查敌情和突袭敌方重要目标。另一个是军法大队，督查全军的军法纪律，惩治那些抗法犯禁之军人。
对于建军之事，神花家族的小亲王库里班，原本想把自己的部族护卫军也编入镇疆军，但是李江遥没有同意。毕竟，那支武装力量是神花家族在举制过程中，负责保卫亲王安全的兵马，涉及神花家族的根基。现在将其纳入圣唐军队，于情于理都不合适。
经过李江遥的分析和劝说，库里面勉强同意，暂时让自己麾下一万神花军隐蔽在镇疆的势力范围之外，暗中配合李江遥行动。不过，他还提出了一个附加条件，请李江遥派遣一名镇疆军的军官担任神花兵马的副指挥，协同帮助总指挥黑山开展日常练兵和作战行动。
有镇疆军官参与，无论是训练的标准，还是行动上的协调配合，都会变得很顺畅。
李江遥想想也行，于是从原先飞马斥候营的老兵之中选了一个名叫赵玉龙的年轻军官，代表自己加入了神花军。
至此，隶属圣唐皇朝、却并未得到朝廷认证的镇疆军，正式搭起了自己完整的架构。其中，圣唐战士和西疆本地战士的数量，保持一比三的比例，这在圣唐军队的历史上，可谓是绝无仅有。
除了部队整编的动作，李江遥徐友长他们之前最担心的两个问题：情报和补给，眼下也都得到根本性的改善。
在谢坦之的建议和帮助下，司徒无寿精心设计，织就了一张几乎覆盖整个西疆鬼漠的情报网络。神花家族的萨摩尔和玉陀罗作为司徒无寿的左膀右臂，利用神花脉络，专门为镇疆军收集整理各路消息，不断渗透策反敌方的核心人物，号称水杉的千里眼和顺风耳。
马木被任命为全军的总军需官，按照李江遥的想法，在辖区的核心地带建设大型战略储备仓库，囤积从四处收集来的大批粮草和装备。同时，他手下的军需官们，还分赴辖区以外的各个战略要地，或者是丘陵山区、或者是隔壁绿洲、或者是无名小镇，秘密设立隐蔽的补给中继站，以便为今后大军的作战行动铺垫后勤基础。
此外，李江遥还别出心裁，创办了一所“镇疆军校”。
他亲自担任军校校长，徐友长任总教习，林枫、杜建以及大批镇疆军和玄甲军的军官，都做了军校的教习讲师。军校的课堂上什么都讲，上至天文、下至地理、左至练兵、右至打仗，中间还兼着认字读书，内容丰富、有趣有用。除了传统的步科和骑科这两大门类，李江遥开创性的设置了多兵种专业，包括军需科、军械科、军情科和军械科，为军队输送各类业务人才。
在那段时期，每天晚上吃过饭之后，总会有大群大群的粗鲁汉子，搬着小板凳，并肩坐在一起，聚精会神、认认真真听着台上的教习讲师们，给传授他们从来没有听过、从来没想过的新鲜知识。
这所位于水杉城的镇疆军官学校，参考帝都演武堂和现代军校的办学经验，将培养大量优秀中下级军官作为自己的重要使命，给镇疆军奠定了最坚强的基石。
在后来几十年的时间里，圣唐军方曾经出现过一个举足轻重、左右朝野的强大派系，那就是闻名遐迩的镇疆军系。而这个派系中那些功勋卓著的大将们，很多都是当初在这所军校里勤奋求学的年轻人。