但二木重吉、三木丰后守等人在收到小笠原长时的书信后并不做任何答复，也不打算出兵救援仁科家。
同时，小笠原长时让旗下的有力武将饭森春盛、杉山右卫门、横泽日向守等人将仁科城团团包围起来，企图待仁科城断粮后再发起攻城，从而减少己方军势的损失。
而留守在仁科城的仁科盛康、星野盛道等人先后大大小小与小笠原军打了十余战，虽然城内守军锐减，粮草将尽，但是守军的意志却仍然坚定。因为他们都清楚武田家的援军很快就能抵达城外，况且距离仁科城最近的武田家驻军就在牧之岛城，急行军只需一天便能进入安昙郡切断小笠原军的退路和粮道。
很快，武田信繁、穴山信友、板垣信宪等将就分兵三路夹击小笠原军。
穴山信友从小川城进军，板垣信宪从牧之岛城进军，武田信繁从青柳城进军。
穴山信友所部军势首先与包围仁科城的小笠原军进行交战，双方势均力敌，胜负不决；之后，板垣信宪又率军赶到，与小笠原军进行交战，同样也是不分上下。
最后，武田信繁率五千余军势先截断了小笠原军的退路和粮道。迟钝的小笠原长时在这时候才反应过来自己已经被武田军层层围困，退无可退了。
于是，小笠原长时只能抱着必死的觉悟与武田军进行作战。人在求生的欲望之下爆发的战斗力可怕得惊人。
小笠原长时、饭森春盛等人在这个时候也迸发出了最为惊人的杀伤力，讨取了众多武田军的武士、杂兵。但小笠原长时、饭森春盛等人终究还是在武田信繁、穴山信友、板垣信宪等武田家重臣们的围困下惨败。
小笠原长时、饭森春盛等人可谓是仅以身免，而杉山右卫门、横泽日向守等北安昙郡有力武将则皆被武田军所讨取。是役，小笠原军共被讨取五百余人。
随后，小笠原长时就与饭森春盛一同翻越白马岳后进入东越中，而后再经西颈城郡返回北安昙郡的平仓城收拢败军，从长计议。
身在平仓城的山本寺定长在得知小笠原长时兵败的消息后惊恐万分，生怕自己的返回领地的退路被武田军切断，当即决定放弃平仓城，退回了越后西颈城郡，开始监视接近信越边境武田军的一举一动。
之后的武田军则是在武田信繁、穴山信友、板垣信宪等人的率领下趁胜收复先前被小笠原军所夺取的盐岛城、泽渡城、藤城、森城、大正寺城等地，甚至还一度兵临平仓城城下。
鉴于武田家才与村上家签署了停战议和的协定，武田信繁、穴山信友、板垣信宪等人深知继续进军的后果，故而就在平仓城下烧毁一些民居村舍后就率军前去与诹访郡的守军进行合流，想方设法保住武田家位于诹访郡的领地。
当上杉政虎与八条景定在得知小笠原长时败退的消息后，其实并不感到吃惊。甚至并不打算再度出动大军进图北信浓诸郡。
因为冬季即将到来，一旦越后上杉家再次出阵北信浓诸郡的话很有可能会无法进行粮草辎重的补给而陷入困境之中，造成很多非战斗减员的情况发生。
故而，八条景定便派遣越后上杉家旗本众中最骁勇善战的小岛贞兴率一千余军势进驻不动山城，协助山本寺定长防御信越边境，严防武田军来犯。