同时，驻守在砥石城的须田新左卫门见武田军势大，也看出了村上家已行将就木，遂顺应时势，在大熊朝秀的劝说之下，开城向武田军投降。武田军就这样不战而下砥石城，使得武田晴信大喜过望，当即让须田新左卫门拜领一字，更名为须田信赖，同时确保其须田乡的领地。之后，武田晴信便开始对孤城葛尾城展开猛攻。
在武田军那迅猛的攻势之下，失去周围支城庇护和国人领主们支援的村上义清正值继承村上家家督以来最危难的时刻，他几近崩溃，差点准备在自己的寝殿里切腹自尽。但是他也深知留得青山在不怕没柴烧的道理，经过权衡再三之后，就选择了弃城逃往越后投奔上杉政虎。
村上义清在离开葛尾城之前还留下“即使战胜武田家数次，可谋略上还是输了”的感叹。他在经过水内郡高梨领后进入越后颈城郡，请求上杉政虎再次发兵北信浓诸郡。
此次武田军出阵北信浓诸郡，在武田晴信的这一连串凶猛进攻之下，内通村上家的大井信定、羽田幸清等人败亡、村上义清溃走，北信浓诸将皆望风降伏，对武田家表示归顺。
然而，危机也是伴着暂时的胜利产生的。
八条景定在出阵越中、能登之时并没有带上真田幸隆，反而让其暂时归政虎调遣。毕竟真田幸隆与散步在北信浓各地的海野一族武将有着颇深的联系，让他出面调略事半功倍。
而政虎在对志久见乡发起侵攻的同时，就派遣真田幸隆负责调略北信浓诸郡的海野一族武将至越后上杉家一方。
真田幸隆还真有两下子，在他的调略下常田家、矢泽家、望月家等众多海野一族出身的国人领主皆表示只要越后上杉军兵临城下，就立即开城投降，完全不做任何抵抗。并且，常田家、矢泽家、望月家等海野一族武将们皆写下誓书暗中送往春日山城，希望越后上杉军在攻入北信浓诸郡之际不要对他们的领地进行滥妨狼藉。
按照武田军不断鲸吞蚕食村上领的这个势头，仿佛北信浓诸郡即将再次回到武田家的手中。但是就在这时候，在八条景定的策划之下，利用幕臣石谷光政向武田晴信发出了伪造的停战令，敦促武田家与村上家立即进行停战和谈。
而眼下的武田晴信也不顾此停战令是真是假，他不得不接受。因为在武田军夺取村上家本据葛尾城的同时，信浓守护小笠原长时在平仓城城主饭森春盛等人的支援下率军攻入了安昙郡。
武田晴信在葛尾城一战之后忙于统合北信浓诸郡新征服的领地，根本无暇同时对付小笠原长时和上杉政虎。他在权衡再三之后就决定在武田领与越后上杉领之间留下一部分的缓冲地带，避免两家直接接壤。
就这样，村上义清得以从越后前往川中岛南部的横田城，但村上家原有的本据葛尾城则是被武田家所占据。对于这样的结果，村上义清也只能接受。
毕竟，村上义清光凭自己的一己之力是无法与横行甲信两州的武田家相抗衡，只能暂时充当越后上杉家的守门人。而且八条景定也曾经告诫过上杉政虎，村上义清可是一只老鹰，在其饥饿之时能够为越后上杉家所用，一旦让其吃饱之后便会远走高飞，再也不会听从越后上杉家的调遣了。
天文十六年，十一月十日。在幕臣石谷光政的见证下，村上家与武田家于正式缔结了停战协议。攻灭市河家之后的上杉政虎在得知武田晴信率军撤回甲斐之后也从仙当城启程返回了越后。