虽说石山御坊已经陷入了弹尽粮绝、内外交困的窘境之中，但上杉军依旧久攻不克。
其主要原因除了今川氏定所统辖的和泉、河内之兵在此前的连续作战，已经较为疲惫的因素外，还有因八条景定、上杉氏虎二人为了不让关东八国的守备空虚，将原本用于围城的五万余军势遣返原籍。这才导致今川氏定以疲惫之师攻石山御坊如此坚固之城，自然是困难重重。
元龟二年，九月三十日。
坐镇京都的八条景定自然不能容忍石山御坊的战局持续胶着，他直接下令准备西进攻打播磨的摄津守护上杉景信节制三好康长、有马丰氏、池田直正、和田惟长等摄津诸将，以八千余军势再加西近江上穴太众（石匠团体）的后藤基国（原别所家家臣）、藤冈九兵卫等人立即南下，协助今川氏定攻打石山御坊。
而上杉景信所率的这一支生力军抵达，成为压死石山御坊守军这匹骆驼的最后一根稻草。
为了尽快攻落石山御坊，今川氏定与上杉景信所部合流之后，就以穴太众为主，对石山御坊开堀地道向御坊之中进攻。
即便守卫石山御坊外围的出丸、西之丸、东之丸等曲轮的一向一揆军仍然进行顽强的抵抗，但终究无力阻挡上杉军的凌厉攻势，先后被攻落。上杉军也因此突入石山御坊的寺内町（由东町、西町、南町、北町、清水町、桧屋町、青屋町等町以及所组成）之中。
由于寺内町中存在着大量沟壑、望楼，上杉军并没有仓促对位于寺内町中心的御影堂、阿弥陀堂进行攻击。
也就在此时，本愿寺显如不忍石山御坊之中的信徒大量被害，就说服了下间赖廉、下间赖康、下间仲之、下间赖龙等石山本愿寺高级坊官，并派遣使者，前往上杉军本阵，向今川氏定说明石山本愿寺方面愿意开城并退出石山御坊，希望上杉军能保全寺内町信徒的生命。
随后，本愿寺显如还与下间赖廉、下间赖康、下间仲之、下间赖龙、如春尼（本愿寺显如正室）、本愿寺教如等人联名写下誓书，并希望时任关白近卫前久能从中尽力斡旋。
鉴于石山御坊的寺内町房屋多达两千余间，今川氏定也担心己方军势突入其中后遭遇一向一揆军的伏击，就将此事上报至二条城中，交由自己的父亲八条景定来决断。
对于本愿寺显如准备退出石山御坊一事，景定自然是乐于见到的。
因为，本愿寺掌握了富可敌国的财富，就连葡萄牙人传教士加斯帕·费乐拉给印度耶稣会所写的报告之中就提到过“本愿寺宗主所掌握的金银数量甚多。（永禄四年八月十七日）”
在本愿寺证如担任法主时期，本愿寺就与界町的会合众合作，试图发展对明、朝鲜、琉球等周边国家进行贸易，其经济实力不亚于界町。
因此，景定想尽可能的保全石山御坊的寺内町，不让其毁于战火之中。