攻灭浅井家、织田家之后的领土分配，是对于上杉将军家控制扶桑政局来说是非常关键的一步。
当时扶桑的几个人口较多的地区如奈良、山田、伏见等地都被收为上杉将军家的直领。
就连界町的管理也不再由会合众出身的千利休、津田宗及、今井宗久等人分管，而是从此被上杉将军家直辖，并设立了界政所。由上杉将军家旗本众出身的芹泽信胤原上杉将军家藏奉行、高桥又五郎原上杉将军家山奉行、小仓家房原山内上杉家家臣等人进行直接管理，而会合众出身的千利休、津田宗及、今井宗久等人只能提供建议。
在大肆分封上杉将军家嫡系家臣领地的同时，八条景定、上杉氏虎二人也没有忘记对上杉将军家新晋家臣、旗下大名的封赏。
尼子胜久，协助四条虎定牵制美作、伯耆、播磨等地的毛利家旗下国人领主，并与三浦贞广一同压制美作一国，表现活跃，受封出云月山富田城，领有十八万石知行地，并担任出云守护。
北畠具亲，攻略尹势一国以及讨伐长岛愿证寺表现活跃，受封尹势大河内城，领有二十五万石知行地，仍担任尹势守护。
北畠政成，协助北畠具亲攻略尹势一国以及讨伐长岛愿证寺有功，受封尹势川北城，领有十万石知行地，仍担任尹势守护代。
三浦贞广，多次协助上杉将军家对山阴、山阳两道诸国的攻略，受封美作高田城，领有十万石知行地，并担任美作守护。
山名佑丰，多次协助上杉将军家对山阴诸国的攻略，除原领但马一国不变以外，加封因幡岩井郡、法美郡、若樱郡三郡之地四万石知行地，以但马守护兼任因幡守护代。
南条元续，切断吉川元长所部退路、粮道以及阻遏毛利家援军进入备中、美作、因幡等国，表现活跃，受封伯耆羽衣石城，领有四万一千石知行地，并担任伯耆守护。
武田信景，在出兵石山城的过程中，表现活跃，受封若狭后濑山城，领有一万两千石知行地，
竹中重治，调略近江诸将以及辅左上杉氏虎表现活跃，从山城普贤寺城转封至近江长光寺城，领有七万石知行地，仍担任近江守护代。
九鬼澄隆，夺回志摩一国以及袭扰织田领沿海地区表现活跃，受封志摩波切城，领有一万八千石知行地，并担任志摩守护。
九鬼嘉隆，打造战船以及协助九鬼澄隆、里见义弘等己方诸将有功，受封尹势长岛城，领有三万石知行地，并担任上杉将军家船奉行。
京极高吉，受封近江今滨城，领有一万石知行地，仍担任近江守护。