但是六角军并没有顺利攻落屯有大量粮草辎重的长光寺城，再加上他们的粮道还被织田军切断了。
不久之后，六角军粮尽，军营之中又疫病丛生，每天都有饿死、病死者。六角义贤、六角义治父子在万般无奈之下只得命永原远江守、真光寺周扬、大原高贤等人分兵对附近村落、城下町进行滥妨狼藉。
至于六角义贤、六角义治父子则是继续率主力前去包围长光寺城，并切断了长光寺城的水源。
长光寺城在被六角军切断水源后仅剩下三瓶水，但柴田胜家并没有因此而感到绝望，反而发觉破敌的时机已至，决定对士气低落、粮草告罄的六角军发起总攻。
三月十五日，大雨晦暝，柴田胜家不待织田信长所率的援军抵达，就打破城中仅剩下的三瓶水，并下令全军出阵。
柴田胜家本人更是一马当先，接连击溃六角军永原远江守、真光寺周扬、大原高贤等部，一时间六角军大溃，被讨取者更是多达两千人。
就连六角义贤本人在准备逃往鯰江城之时被森可成所擒，后被柴田胜家下令押送至岐阜城。
而六角义治、六角义定、六角贤永等六角一族则是侥幸躲过一劫，并在收拢残部后退入尹贺的深山之中。
柴田胜家在战后并没有因擅自主动出击被织田信长怪罪，反而以寡敌众击溃六角军以及生擒前任六角家家督六角义贤。随后，柴田胜家就被织田信长加封长光寺城周边九万石知行地，并担任南近江众旗头。
经此一役，柴田胜家获得了“瓶割柴田”的称呼。同时，六角家意图恢复南近江诸郡旧领的希望也彻底破灭了。
而这时的上杉家正忙于招抚离散、修缮御所，以及在原足利将军家奉公众中挑选一批贤能之人作为奉行众，并勉励督促山城、摄津、河内、和泉、纪尹等国的领民发展农业、丝织等手工业。
在上杉家轻徭薄赋的政策下，不到数年的的时间，山城、摄津、和泉、河内、纪尹等国的公私富庶，几复承平之旧。
可就在京畿诸国正恢复以往的繁荣之时，葛西义定、今川氏定、四条虎定三人在稳定阿波、讚岐、澹路三国局势以后，倒是不忘给他们的父亲八条景定送来了一份大礼一一冈本小少将。
“你们三个是什么意思？难道为父在你们心中就是一好色之徒？”景定在走进已经重修完成的二条城（原二条御所）本丸的寝殿里，就看到一位有双乌熘大眼、眼尾上翘，并身着盛装十二单的美女端坐在一旁。
“父亲大人，您误会了，兄长他只是不知该如何处置发起本国寺之变的逆臣之一筱原右京进的家卷，这才将其带至二条城中，交由您来决断。”今川氏定见景定有些气愤后，立即上前做出解释。
“我不是早就说过，罪大恶极之人的家卷尽数流放至奥州吗？！难道我的话你们都在当耳旁风吗？！”景定立即走出寝殿，并将门合上，开始训斥站在走廊上还在偷着笑的三个儿子。
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