三好长治、筱原长房、筱原长重（筱原长房之子）等人见三好家大势已去，以及根本之地阿波国陷落、阿波守护细川真之阵亡、界公方一族遇难等一系列噩耗来袭后，就带着十余名马廻众登上了邻近摄津、播磨两国境目地带的摩耶山，就面朝阿波的方向切腹自尽了。作为三好长治近臣的忠津则清、安左纪尹守等人也纷纷为三好长治殉死。
而三好三人众在此关头也不是铁板一块，三好政康本就与三好宗家有着深仇大恨（杀父之仇），一时臣从三好宗家那也是因为在力穷之际的无奈之举。故而，在三好宗家最为危难之际他也就没有理由为三好宗家继续尽忠。
于是，三好政康就与其弟三好政胜在剃发后，率一千余军势向上杉军投降，后得景定宽恕。岩成友通、三好长逸二人反而选择在越水城进行笼城固守，并没有认清形势。
景定之所以会选择宽恕三好政康，就是打算尽可能减少三好军各部的抵抗意志，避免三好军做困兽之斗，并尽可能的减少己方的伤亡。
而三好军诸将深知弑杀足利义辉、足利义昭两位将军的主谋者、执行者皆是三好三人众，自然不愿在此关头继续与三好三人众并肩作战。而且，他们都清楚，若是继续负隅顽抗下去，结果只会是兵败身亡这一个悲惨结局。
很快，失野虎村、小笠原成助、筱原右京等三好军有力武将就放弃抵抗，先后率部向上杉军投降了。
对于主动投降的三好政康、失野虎村、小笠原成助、筱原右京等人，景定也没有为难他们，以上杉谦信之命一一赦免他们。因为六角义贤、六角义治父子二人趁着足利将军家、上杉家的注意力皆在山城、摄津等地后，趁机扇动南近江诸郡的国人领主发起国人一揆，意图夺回旧领。
正月十五日，六角义贤、六角义治父子集中甲贺众以及部分尹贺众，以五千余军势进驻旧臣鯰江定春的鯰江城，号召六角家旧臣举兵反抗织田家的统治。
为了防止六角义贤、六角义治父子与岩成友通、三好长逸二人遥相呼应，景定就只好让上杉氏虎前去坐镇京都，自己则是与绫姬一同节制麾下诸将包围越水城。
越水城毕竟是三好家长时间经营的重镇要地，就算岩成友通、三好长逸二人固守不出，上杉军在一时之间难以将其攻落。
不过，岩成友通、三好长逸二人也因此失去了突围逃离摄津的最佳时机。
随着上杉军各部井然有序的列营于城外，将越水城里里外外包围的像铁桶一般。岩成友通、三好长逸二人见城中粮草即将告罄，只好率军向城外突围，但无一例外地被上杉军击退。
仅仅十天以后，越水城的粮草告罄，守军只能吃木屑、泥土来充饥。
忍无可忍的诹访盛直、番头义元、三好长德等人深知破城之日即将来临，他们并不愿当岩成友通、三好长逸二人的陪葬品，就偷偷打开三之丸的大手门向上杉军投降，并主动引导上杉军攻入城中。
上天无路、入地无门的岩成友通、三好长逸二人在得知上杉军大量涌入城中后，就准备切腹自尽，却被麾下的马廻众擒获送至上杉军阵中，之后就被景定下令押至六条河边斩首示众。
不久后，三好家在讃岐最后一座坚守的城池十河城也被上杉军攻落，城主十河存保切腹自尽，而守将前田宗清、吉成信长、加地盛时等人出降上杉军。
至此，曾一度称霸京畿诸国的三好家就此灭亡，上杉家也因此兼并山城、摄津、阿波、讃岐、澹路等国。
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