永禄九年，二月。
也就在织田家与上杉家再度定下婚约之际，三好家内讧的形势又发生了新的变数——担任三好氏一门总领、三好家家督的三好义继再也无法忍受三好三人众长期把持三好家大权，直接趁着三好三人众正与松永久秀交战不备之时，率近臣、小姓、马廻众等在内的五百余人从居城饭盛山城逃往界町，并从界町再逃入松永久秀的本据信贵山城中，并对外指责三好三人众是恶逆无道之人，号召三好家重臣、旗下国人领主一同出兵讨伐三好三人众。
三好义继之所以会选择逃离自己的居城，主要原因还是三好三人众掌握着三好家的财政、军事、外交等大权，使得三好义继这个家督如同傀儡一样，一点权力都没有。
而且，三好义继非常惧怕三好三人众再来一次兵谏或是清君侧。故而，为了保住自己的小命，三好义继就冒险逃离了自己的居城，准备前去投奔家中重臣松永久秀。
可是，并不是所有人都愿意追随三好义继，不少人得知三好义继是要前去投奔松永久秀后就在途中不告而别。使得三好义继在抵达信贵山城外后，身边仅剩下十余人。
松永久秀倒是并不介意三好义继带着多少人来投奔自己。因为他想要的就是能与三好三人众抗衡的大义名分，而三好义继就是最好的大义名分。
随后，松永久秀就将信贵山城的本丸腾出来，让三好义继入住，自己则是带着家卷子嗣居住在二之丸中。
获得松永久秀庇护后，三好义继当即恢复了家中重臣松永久秀的名誉，还称赞他是三好家的忠义之臣。
随着三好义继的主动投奔，使得松永久秀迅速获得了一面大义之旗。
同时，失去三好义继的三好三人众也失去了与松永久秀交战以及继续把持三好家大权的大义名分，反而瞬间成了三好家的逆臣。
为了尽快击败松永久秀并抢回家督三好义继，三好三人众只好联合大和的有力国人领主筒井顺庆与三好义继、松永久秀大战于大和奈良的东大寺（华严宗大本山，又称大华严寺、金光明四天王护国寺）一带。
在两军多次发生激战后，原本作为香火旺盛、普度众生的佛教圣地东大寺被毁于战火，佛殿、经藏、法堂等大大小小的设施都遭到了不同程度的毁坏，就连卢舍那佛的头部、左手被烧落，上半身及莲华宝座更是受损严重。
尽管三好三人众联合筒井顺庆与三好义继、松永久秀大战于东大寺一带，但仍然没有就此分出胜负，两军逐步转变为长时间对峙。直至次年足利义荣才被三好三人众、三好长治（阿波三好家家督）、细川真之（阿波守护）、筱原长房（阿波三好家重臣）、筒井顺庆等人正式拥立成为新一任的征夷大将军、武家栋梁。…
不过，足利义荣的这个征夷大将军、武家栋梁之位坐得并不安稳。由于其得位不正的原因，导致邻近诸国之中只有割据南近江半国、尹贺一部的六角家以及名义上领有纪尹一国的河内畠山家愿意承认足利义荣这个征夷大将军、武家栋梁，其余如上杉家、朝仓家、浅井家、织田家、毛利家、赤井家、波多野家、山名家等各地大大小小的大名、国人领主都没有承认足利义荣的合法地位。