然而这个借由惩罚皇帝以获得自愈的阶段，很快进入完结，皆因那个女人的出现。
皇帝才满十八，就迎娶并册封了九嫔。其中的淑嫔自备选以来，就因靓丽的外表，独特的个性和务实的谈吐，受到后宫关注，最终也是顺利地成为九嫔之二。
然而彼时太后并不知道自己与这位淑嫔，日后会生出这许多事端。
就拿鞭尸已故功臣，太后对皇帝罚跪一事而言，淑嫔郑氏竟领一众宫人，也在炎炎夏日之下，跪在慈宁宫殿前，直到过半数之人齐齐昏倒在殿前。
太后肯定不乐意背一个虐待妃嫔与宫人的名声，只好宽以待人，并当众表示不再以此法，惩罚皇帝。
失去一个重要的宣泄方式，太后只能将修佛作为唯一的静心方式，可她仍时不时怀念群臣以她马首是瞻的时光。
而这时唯一的希望就是自己宫中那些为皇帝侍过寝的宫女了，太后毕竟是曾经参与治国之人，心思缜密过人。
把“控制他人，成全自己”作为唯一准则的太后早早就想好，借由宫中美色，诞下皇储，来制约当今皇帝的办法。
只因知当今皇帝是自己亲生儿子，更知他的弱点为何，所以越加能掌握牵制他大权独揽，肆意非为的方法，就如她对张居正说过那样，“吾儿若无用，吾儿可毁，大明江山不可动摇。”
尤其在淑嫔郑氏出现，完全将皇帝吸引住之后，太后更加坚信自己亲生儿子，当今大明的万历皇帝，终有一日将毁于女色。
毁于女色，不如先确定王储。太后自己虽不甚欣赏，但已与皇帝成婚多年的皇后，却也一直未有龙子之福。
也因此，得知慈宁宫中宫女王氏有孕在身时，太后的欣喜，佛堂之中突发的爽朗大笑可证。
但随之而来的是长时间的沉默与不安——王氏发出灭族毒誓以证自己清白，可初次侍寝并未见红也是事实。
皇帝作为当事人，虽不言明，但对王氏的冷漠态度，已经说明许多。
此时还能如何，用太后的权威调来记录《起居注》的典簿，要求他将一些未发生之事在其中写明，并令其当面在慈宁宫内与王氏对质、串供，以掩盖王氏未见红一事。
最后甚至以典簿家人性命来威胁他，逼他在慈宁宫内，当晚因“愧疚”自缢。
王氏由此成为王恭妃，在腹中孩子出世之后，皇长子成为太后的掌中明珠的同时，王恭妃也成为了太后的弃子，以至于再未得到良好的照顾，最终导致王恭妃与皇帝的第二个孩子——皇四女在三岁时不幸夭亡。
自此之后，王恭妃终日郁郁寡欢，甚至添了些迷幻的症状，遭皇帝嫌弃，幽禁于景阳宫中。
而太后自己，则和皇后两人轮流照看皇长子，直到包括自己在内的、多方引导而出的初次“国本之争”开启，却以皇帝在坤宁宫中大怒，皇长子失禁作为阶段结局。
初次“国本之争”并未有明确赢家，可彼时已成皇贵妃的郑氏却如日中天，太后精疲力竭，无力再正面应付，只得退守在后，将皇长子“寄养”于坤宁宫中，寻找下一次机会。
后皇长子十岁、十五岁，“国本之争”又起，却次次被皇帝与郑皇贵妃化解，其中自然也少不了“老好人”皇后的忍让。
因此，休养生息十年的太后，此时在已满十五岁的皇长子面前，不仅以祖母的身份，更是充当着皇长子在争夺嫡位一事之中的老师。
老师教导学生，为皇，做人中之王，第一课即是学会直面残忍。牺牲几个无足轻重的宫人，又如何？